Ein dramatisches Bild soll die "Jungfrau Maria" den drei portugiesischen Hirtenkindern 1917 mitgegeben haben: Ein weiß gekleideter "Bischof" und andere "Priester, Ordensmänner und Ordensfrauen" werden auf einem Berg von Soldaten getötet. Dies soll also das berühmt-berüchtigte "dritte Geheimnis von Fatima" gewesen sein, das nach Aussage der Kinder "nicht vor 1960" veröffentlicht werden sollte. Doch ist der jetzt veröffentlichte Text wirklich identisch mit dem jahrzehntelang unter Verschluss gehaltenen "Geheimnis"?

Kardinal Ratzinger [Aktualisierung (2007): der nächste Papst Benedikt XVI.] räumt in seinem Kommentar selbst ein, dass viele Menschen, die um die "vorangegangenen Spekulationen" wissen, nun "vermutlich enttäuscht oder verwundert sein" werden. So soll Papst Johannes Paul II. bei seinem Besuch in Deutschland 1980 zum Inhalt dieser Botschaft gesagt haben: "Es sollte jedem Christen genügen, wenn er folgendes weiß: Wenn es zu lesen steht, dass Ozeane ganze Erdteile überschwemmen, dass Menschen von einer Minute auf die andere abberufen werden und das zu Millionen, dann sollte man sich wirklich nicht mehr nach der Veröffentlichung dieses Geheimnisses sehnen". In der nun veröffentlichten Fassung fehlen aber diese Passagen.

Schon 1963 wurde der Text einer "diplomatischen Fassung" des Geheimnisses veröffentlicht, der angeblich verschiedenen Staatsmännern zugeleitet worden war. Darin steht, dem Satan werde es gelingen, "sogar in die höchsten Spitzen der Kirche einzudringen". Helle Flammen würden dereinst aus den Gemächern des Vatikans schlagen. In einem großen Krieg würden Abermillionen Menschen ums Leben kommen. "Feuer und Rauch werden vom Himmel fallen, und die Wasser der Ozeane werden verdampfen, und die Gischt wird gen Himmel zischen, und alles wird umstürzen." All dies sollte sich nach diesem Text allerdings noch in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts vollziehen.

Hat man im Vatikan so lange gewartet, bis dieser Zeitraum verstrichen ist und dann einen eher unwesentlichen Teilaspekt für das Ganze ausgegeben? Oder wollte man nicht zugeben, dass die "Prophezeiungen" zeitlich ungenau sind und der Zusammenbruch von Papsttum und Kirche noch bevorsteht? Vielleicht wollte man einfach den Gläubigen die Passagen vorenthalten, die von einem gewaltsamen Umsturz im Vatikan sprechen, wie er auch in anderen Vorhersagen, etwa bei Irlmaier oder Cäsarius von Heisterbach, beschrieben wird.
Auch in der biblischen Johannesoffenbarung, an deren Aussagen die 1963 veröffentlichte Fassung des Fatima-Geheimnisses sich anlehnt, wird ein großer Umsturz auf der Erde und ein Ende der "Hure Babylon" vorhergesagt, was von vielen als das Ende einer verweltlichten Kirche interpretiert wird.